除了清华和北大，北京还有两所排名全国前三的大学，它们分别是中国人民大学和中国科学院大学。
中国人民大学
“985工程”“211工程”重点建设大学，2017年首批入选国家“世界一流大学和一流学科”建设名单。
在教育部学位评估中心2017年公布的全国一级学科评估结果中，获评A类学科总数为14个，其中理论经济学、应用经济学、法学、社会学、新闻传播学、统计学、工商管理、公共管理、马克思主义理论获评A+，政治学、哲学获评A，图书情报与档案管理、中国史、中国语言文学获评A-，A+学科数量位列全国高校第四。
中国科学院大学
根据全国第四轮学科评估结果，国科大30个学科被评为A类，其中A+学科18个。在2020年1月公布的ESI（Essential Science Indicators）最新数据中，国科大排名76位，位列内地高校之一位。在全部22个学科排名中，国科大材料科学和化学学科跻身ESI前万分之一行列；材料科学、化学、环境科学与生态学、工程、植物和动物科学、农业、地球科学7个学科进入ESI前千分之一，18个学科进入ESI前百分之一学科。
除此之外，北京的985工程大学有北京师范大学、北京航空航天大学、北京理工大学、中国农业大学，以及中央民族大学。
北京的211工程大学有中央音乐学院、中央财经大学、对外经济贸易大学、中国政法大学、中国传媒大学、中国地质大学（北京）、中国矿业大学（北京）、中国石油大学（北京）、北京邮电大学、北京科技大学、北京交通大学、北京外国语大学、北京体育大学、北京中医yao大学、北京工业大学、北京林业大学、北京化工大学、华北电力大学。
